Η Γνωμάτευση της Περιβαλλοντικής Αρχής η οποία αποστέλλεται στην αρμόδια αρχή καθορίζει τις περιβαλλοντικές παραμέτρους που πρέπει να ενσωματωθούν στο σχέδιο ή πρόγραμμα ή συγκεκριμένες διαφοροποιήσεις με τις οποίες θα διασφαλίζεται η προστασία του περιβάλλοντος, όπως το σχέδιο ελέγχου και παρακολούθησης των περιβαλλοντικών επιπτώσεων κατά την εφαρμογή. Η αρμόδια αρχή οφείλει να λαμβάνει υπόψη κατά τη λήψη απόφασης τη ΣΜΠΕ που έχει ετοιμαστεί, τις απόψεις που έχουν εκφραστεί και τη Γνωμάτευση της Περιβαλλοντικής Αρχής.